于2008年12月获教育部批准，开设临床医学专业，同年成立深圳大学医学院，是深圳市本土第一家医学院校。中国工程院钟南山院士为医学院名誉院长。
2013年4月，为进一步整合学科资源，优化学科布局，推动深圳大学医学学科的快速发展，学校组建了深圳大学医学部。学部下设基础医学院、生物医学工程学院、药学院、护理学院、口腔医学院、公共卫生学院、医学中心、医学人文中心等部门。国家基金委创新群体首席科学家，国家杰出青年基金获得者，基金委重大及重点项目负责人，多项国家863、973计划负责人朱卫国教授担任医学部主任。柴金龙同志担任医学部党委书记。
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