本系於83年10月16日慈濟醫學院創校時成立，秉持創辦人證嚴法師「無緣大慈，同體大悲」與「慈悲喜捨」之精神，以培養具有慈悲喜捨精神，醫術精良，尊重生命，以人為本之良醫作為本系成立之宗旨。期望培養悲天憫人，視病如親的醫護人才，提升與促進台灣東部的醫療資源與醫學教育，不僅守護東台灣人民的健康、更以增進全民健康福祉為目標。
89年8月1日更名為「慈濟大學」，目前除了有醫學院之外，尚包括人文社會學院、教育傳播學院及國際暨跨領域學院。慈濟大學自97學年度開始連續獲得教育部「教學卓越計畫」獎助，全面性的進行教學和學生學習的紮根工作，辦學績效獲得肯定。我們期許能開創具有慈濟人文特色、實踐慈濟精神的醫學教育，希望締造兼具創新、人文與卓越品質的慈濟醫學教育。
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长庚大学医学系
本校創立於民國76年4月，原名為長庚醫學院。本系於民國76年開始招收學士後醫學系學生，民國78年起開始招收七年制醫學系學生，學士後醫學系則於民國80年停止招生，民國102年8月起配合國家醫學教育改革，開始招收新學制六年制醫學系學生。本系的教育宗旨在培養知識與德行兼備、理論與實務結合，能夠終身學習及身體力行，進而服務人群和貢獻社會的醫學人才。本系的使命及目標是培養各方面均衡發展且「以人為本」的“全人醫師”，目標是培育具優質專業素養、人文社會關懷、國際宏觀視野與終身學習的好醫師，不但能精準且有效地提供全民醫療服務，並達到符合社會的需要及期望，同時具備人性關懷、熱忱服務、尊重生命、善用資訊、終生自我學習、團隊合作與負責任等特質。
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